Flee é um documentário em formato de animação, que conta a história real de Amin Nawabi, que fugiu quando criança do Afeganistão. Ele teve que confiar em seus próprios instintos para chegar à Dinamarca, ainda criança, onde vive agora. Em seus 30 anos, agora ele é um acadêmico de sucesso e vai se casar com seu namorado de longa data. Mas, segredos de um passado que ele esconde há mais de 20 anos ameaçam arruinar a vida que construiu para si mesmo. Pela primeira vez, ele decide compartilhar sua história com um amigo próximo.

Nawabi reconta e compartilha histórias sobre sua jornada que nunca havia revelado antes, descrevendo as condições que forçou sua família a fugir do país, como ele se separou de seus irmãos na Rússia e como ele se descobriu um homem gay na Europa. O longa aborda a necessidade de um homem confrontar seu passado para realmente ter um futuro.